ПГТ проводится на клетках, полученных из эмбриона на определённой стадии развития, а не на всём эмбрионе целиком. Результат зависит от типа исследования, технических характеристик метода и качества генетического материала. Одним из факторов интерпретации является мозаицизм - наличие клеточных линий с разным генетическим составом.